Selon une étude scientifique, le schéma de mutation des ancêtres d’Omicron a été identifié grâce au séquençage de 13 097 échantillons provenant de 22 pays africains.
Omicron, la souche de coronavirus dominante, est selon toute vraisemblance d’origine de l’Afrique de l’Ouest, selon les résultats d’une étude menée par l’Université Stellenbosch d’Afrique du Sud et l’hôpital de La Charité-Universitatsmedizin de Berlin.
L’étude est basée sur 13 097 échantillons d’infections à Covid-19 provenant de 22 pays africains. Elle montre que la lignée omicron BA.1 a d’abord émergé dans l’ouest du continent, où peu de tests et de séquençages de gènes ont lieu. BA.1 a été la première souche Omicron. Elle a depuis continué à muter. « Les analyses phylogéographiques confirment l’origine de BA.1 en Afrique de l’Ouest avant sa propagation en Afrique australe » expliquent les chercheurs dans l’étude publiée dans la revue Science.
Des échantillons prélevés au Bénin entre le 22 août et le 27 octobre 2021 présentent des traces d’ancêtres de l’omicron, de même que trois échantillons provenant du Nigeria. Omicron a ainsi été identifié pour la première fois au Botswana et en Afrique du Sud en novembre de la même année et un pic exponentiel d’infections avait suivi en Afrique du Sud, avant qu’un schéma similaire n’apparaisse dans d’autres parties du monde.
L’étude démontre que la théorie selon laquelle Omicron est apparue en Afrique du Sud à la suite d’une infection à long terme par un coronavirus chez un individu immunodéprimé est inexacte.
« Le schéma de mutation des ancêtres d’Omicron et des souches d’Omicron déposées dans les bases de données publiques différait sensiblement du schéma de mutation Sars-Cov-2 chez les individus immunodéprimés affirment les chercheurs. Nos données suggèrent une évolution prolongée et géographiquement étendue des ancêtres d’Omicron chez les patients à travers l’Afrique. »
Les mutations des coronavirus, qui se produisent lorsque le virus tente de contourner les défenses immunitaires de l’organisme, ont été identifiées dans des cas de fortes poussées d’infection.
En Afrique de l’Ouest, la flambée des infections est passée complètement inaperçue en raison de l’incurie des systèmes de santé nationaux. Le Centre ouest-africain de biologie cellulaire des agents pathogènes infectieux de l’université du Ghana estime que la plupart des Africains de l’Ouest ont été infectés par le coronavirus, même si relativement peu de cas et de décès ont été signalés.
